Masjid Sheikh Zayed dibangun dua lantai, dengan luas bangunan utama masjid sekitar 8.000 meter persegi. Masjid tersebut dilengkapi ruang VIP, perpustakaan seluas 20 meter persegi, serta basement yang digunakan untuk tempat wudhu putra dan putri.
Pembangunan Masjid Sheikh Zayed merupakan simbol kerjasama dan persahabatan dua negara, yakni Indonesia dan Arab, khususnya dalam bidang keislaman.***